공기업은 정부가 공공의 목적을 달성하기 위해 직·간접적으로 투자해 소유와 경영의 주체가 되는 기업이다. 수익사업을 영위한다는 점에서 비영리기관과 구분되고, 공공 복지를 제공한다는 점에서 이윤 창출을 목적으로 하는 사기업과 다르다.
공기업도 사기업과 마찬가지로 수익사업에서 소득이 발생할 경우 법인세를 낸다. 법인세는 수익사업을 영위하는 영리기관의 소득뿐만 아니라 비영리기관의 수익사업으로 인한 소득도 내야한다. 국세청 법인세과 관계자는 "공기업이 비영리기관은 아니기 때문에 법인세 산출과정은 사기업과 다르지 않다"고 설명했다.
그럼에도 공기업들 중 상당수가 법인세를 내지 않고 있다. 택스워치가 지난해 공기업의 법인세 납부내역을 분석한 결과 35개 기업 가운데 6곳(17%)이 법인세 결정세액이 없고, 기타공공기관은 188곳 가운데 법인세 과세미달인 기관이 120곳(63.8%)에 달했다.
공기업과 공공기관들이 법인세를 내지 않는 이유는 영업손실에 따른 결손금 때문이다. 신용보증기금의 경우 지난해 과세표준을 기준으로 7800억원의 손실을 기록했다. 실제 현금이 빠져나간 게 아니라 대손충당금 적립으로 인해 회계상 적자가 났기 때문이다. 정부의 출연금과 기업의 보증사용료로 수익이 발생하기는 하지만 대손충당금 규모에 비하면 턱없이 적다. 신용보증기금 관계자는 "기업이 내는 보증사용료는 보증액의 1%에 불과하기 때문에 지속적으로 손실이 날 수밖에 없는 구조"라고 설명했다.
예술의 전당도 지난 5년간 회계상 결손금이 발생해 법인세를 내지 않았다. 결손금의 대부분은 건물의 감가상각비로 지출한 것이다. 예술의 전당 관계자는 "주로 대관료나 공연료를 통해 수익을 내고 있는데 적자를 보지 않는 정도의 수입을 올리고 있다"고 말했다.
공무원연금공단은 기금을 관리하는 준정부기관으로 수익이 발생해도 고유목적사업준비금으로 인정돼 세금을 내지 않는다. 반면 사립학교교직원연금공단은 공무원연금공단과 마찬가지로 연금을 지급하고 사립학교 교직원에게 급여와 복지를 제공하지만 지난해 7억6000만원의 법인세를 납부했다. 공무원과 달리 사립학교 교직원의 퇴직금은 장부상 기부금으로 잡는다. 법인의 기부금은 법인세 과세표준 산출시 일정 비율(지정기부금 10%, 법정기부금 50%)만 비용으로 인정된다. 비용 한도를 초과하는 부분은 법인세를 내야한다.
일회성 리스크로 인해 법인세를 내지 않은 기관도 있다. 한국수출입은행의 경우 지난해 7800억원의 손실이 발생하면서 법인세를 내지 않았다. 수출입은행 관계자는 "지난해 대우조선해양 구조조정에 대한 대손상각비로 40년만에 처음으로 대규모 손실이 발생했다"고 말했다.
코레일관광개발은 지난해 통상임금 소송으로 인해 30억원의 적자를 내면서 법인세를 납부할 필요가 없었다. 지난 4년간 꾸준히 이익을 냈지만 일시적으로 큰 비용이 발생해 결손금이 발생한 것이다. 코레일 노조원 등 소속직원 2만여 명은 상여금을 통상임금에 포함해달라는 소송을 진행중이다.
